Alfonsas Petrulis gimė 1873 m. rugpjūčio 4 d. Kateliškių kaime (Biržų raj.), ūkininko šeimoje. Namuose daraktorių išmokytas skaityti lietuviškai ir lenkiškai, nuo 1885 m. mokėsi Šiaulių ir Panevėžio gimnazijose, 1891 m. įstojo į Žemaičių kunigų seminariją Kaune. Per ketverius metus ją baigęs, buvo per jaunas gauti kunigo šventimus, todėl porą metų Lvovo universitete klausė veterinarijos kursą. 1897 m. grįžęs į Lietuvą pratęsė mokslus Vilniaus kunigų seminarijoje. Gabus seminaristas buvo išsiųstas į prestižinę Peterburgo dvasinę akademiją, tačiau neištvėrė tenykščio klimato, grįžo į Vilnių ir 1899 m. gavo kunigo šventimus.
Paskirtas vikaru į šv. Petro ir Povilo bažnyčią, jau už kelių mėnesių buvo perkeltas į atkampią Bagdonavos (dabar Baltarusijoje) filiją. Besirūpinantis lietuvių kalbos sugrąžinimu į bažnyčias kunigas pasaulietinei ir bažnytinei valdžiai neįtiko ir buvo nuolat kilnojamas po atokias, apleistas parapijas: dirbo Joniškyje (Molėtų raj.), Maišiagaloje, Nalibokose (Baltarusijoje), Marcinkonyse. Tik 1911-siais jis buvo paskirtas į Pivašiūnų parapiją, kurioje darbavosi 18 metų.
Kiekvienoje parapijoje kunigas stengėsi lietuviškai sakyti pamokslus, mokė chorus lietuviškų giesmių, lietuviškai vedė vaikų katechizaciją, stengėsi parapijiečius įtraukti į visuomeninę veiklą, todėl nuolat buvo skundžiamas.
1905 m. dalyvavo Vilniaus Seime, 1908 m. įstojo į Lietuvių mokslo ir blaivybės draugijas, 1911 m. kartu su V. Mironu pradėjo leisti Vilniaus krašto lietuviams skirtą žurnalą „Aušra“, rašė straipsnius į „Vilniaus žinias“, „Viltį“, „Tėvynės sargą“, platino spaudą savo parapijose. 1917-siais dalyvavo organizuojant Vilniaus konferenciją, buvo išrinktas į Lietuvos Tarybą, pasirašė Nepriklausomybės Aktą (tuo metu jam buvo 45-eri).
1918 m. rudenį A. Petrulis Lozanoje dalyvavo lietuvių konferencijoje, kartu su A. Smetona ir M. Yču lankėsi pas Viurtembergo grafą von Urachą, kurio kandidatūra buvo svarstoma į Lietuvos karaliaus postą. Grįžęs į Lietuvą, padėjo rengti laikinąją Lietuvos konstituciją. 1919 m. lenkų buvo porą kartų suimtas ir Vilniuje kalinamas, tačiau pavyko pabėgti ir pasitraukti į Kauną. 1920 m. grįžo į Pivašiūnus, steigė ten lietuviškas mokyklas, vietos šaulių būrį. 1924 m. iškeltas dirbti į Stakliškes, 1927 m. – į Paparčius, 1928 m. – į Musninkus (Širvintų raj.). Staiga pašlijus sveikatai, 1928 m. birželio 28 d. Musninkuose per šv. Mišias mirė prie altoriaus. Palaidotas Musninkų bažnyčios šventoriuje.