Šio žmogaus biografija – ištisa drąsaus ir visada savo nuomonę turėjusio tiesos ieškotojo epopėja per sudėtingą XX a. Lietuvos istoriją. Pranas Dovydaitis gimė 1886 m. gruodžio 2 d. Runkių kaime netoli Višakio Rūdos (Marijampolės apskrityje) valstiečio šeimoje. Šeimoje augo 15 vaikų (tačiau išgyveno tik 7), brolis Vincas 1920 m. žuvo kovose už Lietuvą. 1904 m. Pranas įstojo į Veiverių mokytojų seminariją iš kurios pašalintas už dalyvavimą 1905 m. streikuose. Dirbdamas tėvų ūkyje, jis savarankiškai pasirengė ir 1908 m. eksternu išlaikė egzaminus Marijampolės gimnazijoje.
1908 m. P. Dovydaitis įstojo į Maskvos universiteto Teisės fakultetą (1912 m. jį baigė), 1911 m. vedė iš to pačio kaimo kilusią jaunystės meilę Marcelę Bacevičiūtę. Dar studijų laikais išryškėjo Prano katalikiškos pažiūros, jis tapo žurnalo „Ateitis“ redaktoriumi ir ateitininkų lyderiu.
1913 m. P. Dovydaitis buvo pakviestas grįžti į Vilnių ir pakeisti tuo metu „Vilties“ žurnalo redaktoriumi dirbusį A. Smetoną, kuriuo buvo nepatenkinti leidinio savininkai. Įsižeidęs A. Smetona pasitraukė iš redakcijos su visais savo šalininkais (liko tik Liudas Gira), Dovydaičiui teko redakciją burti iš naujo. Nuo to meto P. Dovydaitis ir A. Smetona nejautė vienas kitam simpatijų. Prasidėjus I pasauliniam karui leidinys buvo uždarytas, o P. Dovydaitis 1916 m. tapo kuriamos Kauno „Saulės“ gimnazijos direktoriumi (juo išliko iki 1922 m., kuomet jį pakeitė kitas signataras – Mykolas Biržiška), aktyviai dalyvavo visuomeninėje veikloje, buvo išrinktas į Lietuvos Tarybą, pasirašė Vasario 16-osios Aktą (tuomet jam buvo 32-eji).
Tik įsikūrusi ir iš visų pusių puolama Lietuvos valstybė atsidūrė krizėje, kai 1919 m. kovą atsistatydino antroji, M. Sleževičiaus, vyriausybė. Norinčių valdyti šalį, kurią drąsko vokiečiai ir rusai, neatsirado, A. Smetona skubiai išvyko į užsienį ieškoti pagalbos, tad formuoti naują Vyriausybę ėmėsi P. Dovydaitis (kaip jis pats sakė, „sukalėdojau“ ministerių kabinetą). Po mėnesio Lietuvos Tarybai prezidentu išrinkus A. Smetoną, P. Dovydaitis atsistatydino, jį pakeitė M. Sleževičius ir IV-asis Ministrų kabinetas.
Atsistatydinęs P. Dovydaitis pasitraukė iš politikos ir daugiau į ją nebegrįžo: dėstė Aukštuosiuose kursuose, 1922-1940 m. profesoriavo Lietuvos (vėliau – Vytauto Didžiojo) universitete, buvo Religijos istorijos katedros vedėjas, 1935 m. gavo filosofijos daktaro laipsnį.
1921-1938 m. P. Dovydaitis redagavo filosofinės krypties žurnalą „Logos“, 1924-1930 m. – religijos mokslų žurnalą „Soter“, nuo pat „Lietuviškosios enciklopedijos“ įsikūrimo 1931 m. buvo jos viceredaktorius. Nuo 1927 m. jis buvo ateitininkų garbės pirmininku, prisidėjo įkuriant Lietuvos katalikų mokytojų sąjungą, Katalikų veikimo centrą, Katalikų mokslo akademiją. 1933 m. jis, prel. A. Jakštas-Dambrauskas ir prof. S. Šalkauskis tapo pirmaisiais Lietuvių katalikų mokslo akademijos akademikais.
1930 m. A. Smetonos vyriausybė uždraudė visuomenines politines jaunimo organizacijas. P. Dovydaičio vadovaujami ateitininkai pasitraukė į pogrindį, jų vadovai ištremti iš Kauno ar įkalinti. 1932 m. Marijampolėje vykusiame pavasarininkų kongrese P. Dovydaitis viešai sukritikavo valdžios polinkį į diktatūrą ir buvo nuteistas 3 mėnesiams kalėjimo (kartu su prof. J. Eretu ir pavasarininkų vadovu J. Leimontu), bausmę atliko Bajorų (prie Kretingos) ir Marijampolės kalėjimuose. Per visą tarpukario Lietuvos istoriją tai buvo vos antras atvejis, kuomet imtasi represijų prieš signatarą (prieš tai už savo socialdemokratinius pasisakymus porą savaičių kalėjime teko praleisti Steponui Kairiui).
1936 m. valdžios reikalavimu buvo pašalintas iš universiteto, suvaržyta jo mokslinė veikla. Pasižadėjęs nepolitikuoti ir grįžęs į VDU, gyveno Prienų kaime prie Čekiškės.
1941 m. birželio 14 d. sovietų suimtas, ištremtas į Ukrainą, vėliau – į Gari konclagerį Urale. 1942 m. atgabentas į Sverdlovsko kalėjimą, apkaltintas kontrrevoliucine veikla ir 1942 m. lapkričio 4 d. sušaudytas. Palaidojimo vieta nežinoma.
Prano Dovydaičio vardu pavadinta Čekiškės vidurinė mokykla. 2000 m. popiežius Jonas Paulius II jį paskelbė kankiniu.