Gimė 1962 m. Vilniuje. 1979–1983 m. mokėsi Buivydiškių technikume, studijavo Kauno veterinarijos akademijoje. 1983–1985 m. tarnavo sovietinėje armijoje, vėliau dirbo Kauno zoologijos sode, o 1991 m. – Medininkų pasienio posto muitininku. 1991 m. liepos 31 d. Medininkų pasienio posto užpuolimo metu Tomui Šernui šautiniu ginklu buvo sužalota galva, pažeistos smegenys. Tomas išgyveno, tačiau dėl patirtų sužalojimų kurį laiką negalėjo kalbėti bei savarankiškai judėti. Visi kiti tuo metu Medininkų poste budėję rinktinės „Aras“ bei muitinės pareigūnai žuvo iškart.

1997–2000 m. T. Šernas studijavo Vytauto Didžiojo universitete, 2000–2002 m. – Vilniaus universitete. Šiuo metu – Lietuvos evangelikų reformatų generalinis superintendentas.

2006 m. žurnalistė A. Arlauskienė išleido knygą „Tomas Šernas: vakar buvo rytoj“, kurioje pateikiama daug faktų apie Tomo gyvenimą, tragediją, reabilitaciją, dalyvavimą evangelikų reformatų veikloje.

1991 m. apdovanotas  Vyčio Kryžiaus ordino Didžiuoju kryžiumi.