M.Sabutis gimė 1975 m. Tauragėje. 1993 m. įstojo į Klaipėdos universiteto HMF Evangeliškosios teologijos katedrą. Jam studijuojant trečiame kurse, 1996 m. sausio mėn. Jurbarke įvestas į diakonus, o tų pačių metų birželį ordinuotas kunigu diakonu.

1997 m. baigė evangeliškosios teologijos studijas bakalauro laipsniu. Apsigyveno Jurbarke ir toliau tarnavo klebonu keturiose parapijose: Jurbarko, Skirsnemunės, Smalininkų bei Vilkyškių.

1998-ųjų liepą Skirsnemunėje ordinuotas kunigu. Tų pačių metų gruodį pakviestas tarnauti Vilniaus parapijos klebonu.

1999 m. birželį įstojo į Vilniaus universiteto Religijų studijų ir tyrimų centro magistrantūros studijas.

Nuo 2000 m. – Lietuvos evangelikų liuteronų bažnyčios Konsistorijos narys.

2001 m. vasarį deleguotas Ev. liuteronų bažnyčios atstovu Biblijos draugijos direktorių taryboje (2005 m. išrinktas viceprezidentu).

2001 m. birželį baigė VU religijos studijas magistro laipsniu.

Nuo 2001 m. gruodžio 8 d. iki 2004 m. liepos buvo LELB Jaunimo centro valdybos pirmininkas.

2004 m. balandžio 24 d. išrinktas ir birželio 19 d. konsekruotas LELB vyskupu.

2005 m. rugsėjį įstojo į KU doktorantūros studijas.

Dirba Klaipėdos universiteto Teologijos katedros dėstytoju.

Mindaugas Sabutis yra Pasaulio liuteronų sąjungos Rytų ir Centrinės Europos Bratislavos biuro koordinatorius bei laikinosios PLS Santuokos ir lytiškumo klausimų komisijos narys.

2009 m. gegužės 22 d. Misūrio Sinodo Konkordijos teologinėje seminarijoje (Fort Wayne, Indiana, JAV) suteiktas garbės daktaro vardas.