1943 m. baigė Biržų gimnaziją. 1944 m. traukėsi į Vakarus, Elmshorne, Vokietijoje, pateko į karo belaisvių lagerį prie prievartinių darbų. 1945 m. apsistojo Visbadeno DP stovykloje, 1947 m. perkeltas į Kaselio DP stovyklą. 1946–1948 m. Mainco universitete studijavo filosofiją ir romanistiką. 1941–1942 m. redagavo laikraštį „Naujosios Biržų žinios“, 1943–1944 m. – „Panevėžio apygardos balsas“. 1944 m. su broliu Adolfu suimti nacių ir 8-iems mėnesiams įkalinti priverstinių darbų stovykloje Elmshorne Vokietijoje. 1946–1948 m. žurnalo „Žvilgsniai“ redaktorius. 1949 m. pabaigoje su broliu emigravo į JAV, apsistojo Bruklino rajone Niujorke. Praėjus dviem savaitėm po atvykimo pasiskolino pinigų, įsigijo 16 mm filmavimo kamerą ir pradėjo fiksuoti savo gyvenimo momentus. Gyvendamas Niujorko centre susidomėjo kaimynystės kino teatruose rodomais avangardiniais filmais ir 1956 m. pradėjo kurti savo filmus. J. Mekas tapo viena iš Amerikos avangardinio filmo vedančių personų, ir dirbo įvairiuose su filmo kuravimu susijusiuose darbuose.

Nuo 1954 m. leido ir redagavo anglišką dvimėnesį kino žurnalą „Film Culture“, 1955–1957 m. redagavo mėnesinį filmų meno laikraštį „Intro Bulletin“. Nuo 1958 m. redagavo žurnalo „The Village Voice“ skyrių Movie Journal. Filmų klausimais straipsnius spausdino savo redaguotuose žurnaluose, taip pat leidiniuose „Cinemages“, „Films in Review“, „Film Book“, „Cinema“. Buvo filmų studijinių bei diskusinių susirinkimų programų 1951–1953 m. „Film Study Group“, 1953–1954 m. „Film Forum“ vedėjas. 1962 m. su broliu įkūrė „The Film Makers' Cooperative“, o 1964 m. „The Filmmakers' Cinematheque“, kuris palaipsniui išaugo į „Anthology Film Archives“, vieną didžiausių pasaulyje amerikiečių avangardinio filmo archyvų.

Savo filmuose Jonas Mekas išreiškia protestą prieš meną, vaizduojantį dramatiškus, svarbius įvykius siekdamas parodyti žmogų kasdienybėje, atskleisti jo jausmus, emocijas, išaukštinti nereikšmingus gyvenimo momentus. Stiliui būdinga improvizacinė kompozicija, filmuojant ir montuojant įterpiami trumpi vaizdai. Jonas Mekas ankstyvuoju literatūrinės kūrybos laikotarpiu su broliu Adolfu parašė 3 pasakų knygas („Trys broliai ir kitos pasakos“ 1946, „Iš pasakų krašto“, „Knyga apie karalius ir žmones“, abi 1947). Jono Meko literatūra yra ne ką mažiau subtili nei kinas. Autoriui būdingas kinematografinio pasakojimo būdas ryškus poezijos rinkiniuose „Semeniškių idilės“ (1948, 1997). Vėlesnė kūryba, pradedant eilėraščių rinkiniu „Gėlių kalbėjimas“ (1961) ir baigiant „Žodžiais ir raidėmis“ (2007) – fragmentiškia kaleidoskopiška, impresionistinė, paveikta Rytų estetikos, daug reikšmės teikianti kiekvienam žodžiui ar skiemeniui, intonacijai, pauzėms tarp žodžių. Dienoraščiams ir esė knygoms „Neturiu, kur eiti“ („I had nowhere to go“,1991), „Laiškai iš niekur“ (1996, 1997), „Žmogus be vietos: Nervuoti dienoraščiai“ (2000), sapnų knygoje „Mano naktys“ (2007) randama ekspresyvi psichoanalizė, būties apmąstymai. Menininkas taip pat parengė pokalbių ir laiškų rinkinį „Trys draugai: John Lennon, Yoko Ono, Jurgis Mačiūnas“ (1998).

Įvertinimas

1966 m. Filadelfijos menų koledžas Joną Meką apdovanojo aukso medaliu „Už atsidavimą, aistrą ir pasišventimą ieškant naujų menų formųׅ“.

1977 m. Guggenheim Foundation nominacija „Guggenheimo draugas“.

1989 m. Brandeis Universiteto apdovanojimas už kūrybą.

1992 m. Mel Novikoff apdovanojimas, San Francisko filmų festivalis.

1992 m., 2000 m. Chevalier de l'Ordre des Arts et des Lettres, Prancūzijos Kultūros ministerija.

1996 m. Menų daktaras, Kanzaso menų institutas.
1996 m. Niujorko filmų kritikų gildijos apdovanojimas už duoklę kino menui.

1997 m. Pier Paolo Pasolini apdovanojimas, Paryžius.
1997 m. Tarptautinės dokumentinių filmų asociacijos apdovanojimas, Los Andželas.

1997 m. Skohegan tapybos ir skulptūros mokyklos apdovanojimas.

1997 m. J. Mekui įteiktos Vytauto Didžiojo universiteto garbės daktaro regalijos.

2003 m. buvo įvertinti Jono Meko nuopelnai garsinant Lietuvos vardą, puoselėjant ir plėtojant tarpvalstybinius santykius. Jonui Mekui buvo įteiktas Lietuvos valstybinis apdovanojimas - ordino „Už nuopelnus Lietuvai" Didysis kryžius.

2006 m. Amerikos režisierių Gildija apdovanojo Anthology Film Archives už nuopelnus kino menui. J. Meko filmas ,,Prisiminimai iš kelionės į Lietuvą" JAV Nacionalinės kino apsaugos tarybos buvo įtrauktas į Amerikos saugotinų filmų sąrašą (į Kongreso nacionalinio kino registrą kiekvienais metais yra atrenkami tik 25 filmai). Los Andželo kino kritikų asociacija pagerbė J. Meką už jo indėlį JAV kino kultūrai.

2007 m. Vilniuje įkurtas Jono Meko vizualiųjų menų centras.

2007 m.  J. Mekui Prezidentas Valdas Adamkus išimties tvarka suteikė Lietuvos Respublikos pilietybę.

2008 m. už nuopelnus meno ir mokslo srityse Austrijos Menų komiteto sprendimu įteiktas aukščiausias Austrijos apdovanojimas – Pasižymėjimo ženklas. Jį įteikė Austrijos prezidentas Heinz Fisher. Gavęs šį apdovanojimą, J. Mekas taip pat tapo Austrijos Menų komiteto nariu.

2009 m. Lietuvos Užsienio reikalų ministerijos garbės ženklas „Lietuvos tūkstantmečio žvaigždė“ už Lietuvos vardo garsinimą pasaulyje.

2010 m. Krokuvos kino festivalio „Drakonų drakono“ prizas už įtaką pasaulio kinui.

2011 m. Biržų rajono savivaldybės sprendimu Jonui Mekui buvo suteiktas Biržų garbės piliečio vardas.

2011 m. JAV „George Eastman House“ tarptautiniame fotografijos ir filmų muziejuje J. Mekui suteiktas garbės mokslininko (angl. honorary scholar) titulas.

2012 m. įteiktas Lietuvos Užsienio reikalų ministerijos įsteigtas „Globalios Lietuvos“ apdovanojimas už viso gyvenimo pasiekimus. Šiuo apdavanojimu pagerbiami užsienyje gyvenantys lietuviai ir su Lietuva savo kilme, giminyste ar kitais ryšiais susiję mokslo, verslo, meno ir kultūros atstovai, įvertinami jų pasiekimai profesinėje srityje prisidedant prie Lietuvos vardo garsinimo.

2012 m. įteiktas Lietuvos Kultūros ministerijos apdovanojimas garbės ženklas „Nešk savo šviesą ir tikėk“ už demokratinės ir atviros Lietuvos visuomenės, už pilietinio solidarumo, asmens ir visuomenės santykių darnos stiprinimą.
2013 m. aukščiausias Prancūzijos Meno ir literatūros ordino (l'Ordre des Arts et des Lettres) komandoro titulas.